Nejstarší budova Základní školy Pelhřimov byla otevřena v roce 1963, o čtyři roky později byla škola rozdělena na dva samostatné celky a začala se psát historie školy, která původně nesla název 2. ZDŠ Pelhřimov. V dalších letech byla otevřena školní družina, přistavěny nové pavilony s tělocvičnou, školními dílnami a gymnastickými sály, později také cvičnou kuchyňkou a společenskou místností. Právní subjektivitu a současný název má škola od roku 1993, ve školním roce 2000/2001 začala spolupracovat s Hauptschule v Kirchhellenu v SRN.
Školní výukový program je zaměřený na individuální potřeby a možnosti každého žáka. Děti se tady učí dovednostem, které uplatní v praktickém životě, velký důraz je kladen také na výuku cizích jazyků. Třídy jsou při výuce jazyků rozděleny na malé skupiny, žáci mohou konverzovat s rodilými mluvčími a oproti běžným školám je v základní škole na Komenského navýšena hodinová dotace jazyků. Děti jezdí na výměnné zájezdy s partnerskou školou v Německu a také slovenskou v Dolném Kubíně. Pravidelně se pořádají poznávací zájezdy do Anglie.
Žáci jsou učiteli vedeni k využívání komunikačních a informačních technologií, vyhledávání a zpracování informací. Často pracují v týmech, aby si osvojili skupinovou a kooperativní práci, naučili se vzájemné pomoci a respektu. Příznivé podmínky jsou vytvářeny jak pro žáky nadprůměrně nadané, tak pro žáky se speciálními vzdělávacími potřebami. Při práci v třídních samosprávách a žákovském parlamentu se děti učí samostatnosti a zodpovědnosti. Škola pomáhá organizovat i volný čas dětí, po vyučování tráví čas ve školní družině nebo klubu, věnují se zájmovým kroužkům, různým projektům a jezdí na školní výlety. Podílejí se i na přípravě tradičních školních akcí, určených pro rodiče a veřejnost, jako je Den jazyků, Mikulášská nadílka, Vánoční jarmark, Den otevřených dveří, Velikonoce, Sportovní den a další.
